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Shinta, jeune esclave est sauvé de la mort par Hiko Seijuro, expert en sabre et maître de l'école ancienne Hiten Mitsurugi Ryu. Celui-ci le renomme Kenshin (homme d'épée) et en fait son successeur. Kenshin, souhaitant aider les autres et sauver des vies (nous sommes durant la guerre civile : le bakumatsu), quitte son maître et devient l'assassin des Ishinshishi (patriotes souhaitant le retour de l'empereur au pouvoir). Connu alors sous le nom de Battosai, il multiplie les meurtres afin de voir l'avènement d'une nouvelle ère bien qu'en prise avec un grand trouble intérieur.
Mettant fin à une période de bonheur, ses crimes finiront par le rattraper d'une façon inattendue, funeste et incroyablement triste.